Ocupó el antepenúltimo lugar de la tabla, apenas arriba de Tecos y Santos por diferencia de goles, siendo hasta ese momento el peor torneo de la historia cementera. En el año 2003 también clasificó a la copa, quedando eliminado en cuartos de final por el Santos de Brasil. Del año 2001 al 2004, Cruz Azul tuvo temporadas apenas de media tabla debido a problemas internos.
